Подскажите пожайлуста, как читать/понимать это исследование?
Можно ли увидеть сами данные, а summary tables?
VB1 and VB2 urine specimens were obtained from 110 (VB3 in 67) UCPPS participants and 115 (VB3 in 62) controls. A total of 78, 73 and 54 species (42, 39 and 27 genera) were detected in VB1, VB2 and VB3 respectively. Mean (SD) VB1, VB2 and VB3 species count per person was 1.62 (1.28), 1.38 (1.36) and 1.33(1.24) for cases and 1.75(1.32), 1.23(1.15) and 1.56 (0.97) for controls respectively.
Я понимаю, что у них 2 группы по 112 человек примерно, в которых они сделали 3 теста.
На человека выявили, ну в среднем, 2 разновидности УПФ и ПФ (беру с запасом) во всех 3 тестах.
Где можно увидеть эти данные в raw - например csv или google calc - там же реально крошечный объем данных. Таблицы очень неудобные, а за график с мутными надписями бацилл _вертикально_ я бы выругался вообще.
Таблица 6 и график дают интересный вывод, если их правильно интерпретирую.
Получается, что практически нет разницы в основных УПФ - Enteroccocus, Escheridhia, Klebsiella, Proteus между обеими группами, во всех типах тестов (1 моча, 2 моча, 3 сок простаты+моча).
Разница в B.cenocepacia действительно большая 16 в больной группе и 5 в здоровой (насколько я понимаю, обнаружено в любом из 3 тестов).
Фекалисов и e.coli одинаково или почти одинаково.
Клибселла п. вообще только у здоровых была обнаружена, от нее меня "лечили" года три назад...
Как бы заключение, что если эту бактерию оставить за скобками (B.cenocepacia), то разницы в зоопарке между больными и здоровыми вообще нет. За одним НО... не могу понять, их "next-gen" ПЦР аппарат определяет только качественно (есть ДНК в образце или нет), или может оценить и количество УПФ? Насколько я понимаю, одно дело иметь 10*3 e.coli, и совсем другое 10*7...
Total DNA was extracted from all urine samples, and microbial (i.e., bacterial and fungal) DNAs were amplified by the polymerase chain reaction (PCR) using the 16 primer pair BAC (Bacteria, antibiotic resistance genes and Candida) and Fungal detection systems developed by Ibis. The individual amplicons were “weighed” using the Ibis instrumentation by electrospray ionization (ESI) time-of-flight (TOF) mass spectrometer (MS) which
reports out the molecular mass. The amplicon masses are then used to determine their base compositions as a particular mass can only be produced by a single combination of the four nucleotides (A, C, G, & T). The taxonomic identities of the amplicons were then revealed using a database217 containing base composition data on virtually all bacterial/fungal species sequenced to date. Details of the methodology is available in Appendix.